為支持國家確定的主要污染物減排工作，中央財政設立主要污染物減排專項資金，并頒布了《中央財政主要污染物減排專項資金管理暫行辦法》。
具體而言，減排資金將主要用于支持國家、省、市國控重點污染源自動監控中心能力建設；補助污染源監督性監測能力建設和環境監察執法能力建設；補助國控重點污染源監督性監測運行費用；補助提高環境統計基礎能力和信息傳輸能力項目；圍繞主要污染物減排開展的排污權交易平臺建設及交易試點工作等；主要污染物減排工作取得突出成績的企業和地區的獎勵等。
財政部、環保總局將在每年年初共同研究確定減排資金預算目標管理的具體內容、目標、要求和考核等內容，年底將減排資金預算目標管理責任制的落實情況向國務院報告。環保總局與各地區各項目單位簽訂預算目標管理責任書。環保總局對落實減排資金預算目標管理責任制負總責。
財政部、環保總局將不定期地開展檢查和考核，對項目預算執行情況和項目實施情況進行監督檢查。對于違反上述辦法及有關要求，弄虛作假、截留、挪用、擠占專項資金的行為，財政部、環保總局將視情況采取通報批評、停止資金安排、取消申報資格等措施予以相應處理；構成犯罪的，移交司法機關依法追究刑事責任。
