據美國《航空周刊與空間技術》報道，首架F-15SE原型機是在波音公司F-15E1驗證機的基礎上改裝的，后者是波音公司向美國空軍租用的一架F-15E，用于各種先進技術的演示驗證。原型機的保形油箱由美國空軍提供，波音公司自己將它改造成了彈艙，其彈艙的艙門都采用復合材料制造。
波音公司還透露，F-15SE原型機上采用的外傾雙垂尾只是用于展示，實際上它還沒有與飛機的機身結構集成在一起。Jones稱采用這種設計是因為它可以像F-22A、F-35和F/A-18E/F的類似設計一樣降低RCS，同時在客觀上還能增加飛機后體的升力(盡管這不是設計著眼點)，這使工程師們能夠減少該機前部的配重。Jones還表示F-15E1將從2010年第一季度開始試飛，這些試飛將只評估CFT式彈艙的使用，在此期間該機仍將采用F-15E的直立垂尾。在今年10月之前，波音公司將探索CFT式彈艙的武器搭載、動力學、彈藥分離和大量相關的地面支援與保障問題，并在當年底之前完成對F-15E1的改裝。
波音公司還計劃在該機的翼面和機體某些邊緣采用吸波涂層，但其應用和出口必須得到美國政府的批準，而波音公司尚未就此問題與美國政府展開談判。目前的F-15E還沒有采用這些涂層。但Jones宣稱，F-15SE的前向RCS可以做到在設計時就可慮了降低RCS的F-35相當的水平。不過他也承認，F-15SE的推進系統將缺乏隱身特征，包括不會在發動機前加裝雷達波阻塞器(F/A-18E/F采用了這項設計)。此外該機機體后部還將缺少紅外信號抑制器來降低發動機噴流的紅外輻射強度。但波音公司這樣處理很大程度上是為了降低成本。
F-15SE的另一設計特征是用一套全新的綜合式DEWS取代了以前由4個外場可更換單元(LRU)組成的電子戰系統。該系統的雷達告警接收機、干擾機、干擾彈投放裝置和干擾消除器等都被更好地與有源相控陣雷達集成在一起。每個垂尾的尾撐內都有2個干擾彈投放裝置，以及DEWS系統的天線和發射機。
按Jones的說法，包括備件和RCS縮減材料的保障在內，一架新制造的F-15SE的出廠單價約為1億美元，和F-15SG差不多(盡管波音公司從未公布過其價格)。目前，波音公司已在推進F-15SE的制造工作。
