儀器的使用權和共享權缺乏明確規定
在評估和管理上，段偉文認為，目前在很大程度上還停留在固定資產的評估和管理層面，過于強調儀器的市場價格和財產價值等“死”的和必然折舊的價值，而尚未能對其運行價值、共享價值等“活”的增值進行評估和管理。
就制度而言，段偉文認為，目前對科學儀器設備究竟是一種什么性質的資產或資源缺乏研究和認識，對于其所有權、使用權、共享權和管理權尚無明確可行的制度安排。
——如何實現有效運轉——
建立購置申請備案制度和公共調配托管制度
如何才能讓閑置的儀器有效地運轉起來呢?段偉文開出的“藥方”是，一方面要認真研究并借鑒國外的經驗，另一方面更重要的是要結合中國科研實際建立起有助于改善科研儀器閑置的制度與機制。
首先，從入口著手，在學科建設、實驗室建設和課題申請環節，建立起各類儀器設備購置申請備案制度;要使這個制度得以運行，必須盡快建立起科研機構和高校的科研儀器設備基本信息數據庫。
其次，應該在全國建立起科研儀器設備公共調配托管制度，充分發揮現有基礎條件平臺的作用，使閑置的儀器流動起來，最大限度地減少因課題完成和儀器更新等帶來的浪費;其關鍵性的機制在于要建立起相應的托管增值機制，即通過多種形式的共享機制增進儀器設備的利用與共享價值，同時，還必須建立起科研儀器設備的利用與共享增值評價指標體系。
讓儀器使用者更加主動
段偉文更多的是從宏觀的角度來考慮如何實現儀器有效的被運轉，而黃巖誼則從微觀的角度出發，關注如何讓人更主動地去運轉儀器。他說，“現在的商品化儀器已經不太嬌貴了，但是在儀器管理上還一直沒有開放，無法像國外的大學一樣讓學生自由使用”。
儀器不夠開放的同時，大家對儀器還存在一種“敬畏”心理，不敢也不愿在現有商品化儀器的基礎上進行改進、改裝的嘗試。“墨守成規地使用已有的商品化儀器中預置的功能，能做出什么有創造性的工作呢?”黃巖誼反問道。
黃巖誼甚至設想，如果有時間，他愿意在學校里試開一門關于儀器使用的課，希望同學們可以多花一點時間考慮怎么設計并建設一個合適的儀器用于科研問題的解決，而不是看著那些加工精美的商品化儀器，然后想：還有什么別人沒做過的，我可以做一做?
——它山之石——
儀器購買前要經過同行審查
在儀器的共享和使用上，國外又是怎么做的呢?“坦白說，在美國、歐洲和日本，也存在儀器被閑置的問題，但據我所知，這些問題可能不像中國那么普遍”，美國賓州州立大學物理學教授陳鴻渭說。
“在國外，購買設備的前提是他們真的需要解決重要公開的科學問題，而且越是昂貴的設備，越需要詳盡的證明購買的合理性”，陳鴻渭說。購買合理性的一個核心標準是，一般的和資深的科學家都能從這些設備的使用中真正的獲益。“這意味著，在撥款購買此類設備時，我們需要一個公正、科學、透明的同行審查體制”。
“設備服務中心”統一運行昂貴儀器
陳鴻渭介紹，在美國的研究型大學里，昂貴的設備，例如電子顯微鏡、凈化室、電子束曝光技術等，經常放在一起并由“設備服務中心”(Central Facility)來運行。設備服務中心的運行的費用由所有使用這些設備的研究組通過“使用者付費”(user fees)來支付，而該中心的經理會向用戶成員組成的委員會作報告。
該中心招收的技術人員都是擁有博士和碩士學位的，中心的職責之一是培訓技術人員使用這些設備，職責之二是按時對設備進行“常規”維修。對于許多特別昂貴和精密的設備，設備中心會與制造商簽訂維修合同。在這種情況下，制造商會派技術人員做定期維護。這種合同的費用很大，是設備費用的10%甚至15%。
用戶支付的費用從哪里來呢?陳鴻渭說，負責很多研究組的教授們可以通過研究項目從政府機構，如美國國家科學基金會等，獲得資助。盡管至少在用戶或者教授們看來，繳納的費用很高，但這些錢仍不夠支付設備的正常運轉所需的費用，因而這些設備常會得到大學的資助。
由于設備服務中心需要吸引盡可能多的用戶來獲利，因此這些儀器設備的開放時間很長，以方便用戶使用。陳鴻渭介紹，在賓州，很多科研儀器設備保持每周七天，每天二十四小時的全天候開放，很多研究生和博士后都在使用它們。
——成功案例——
北科大分析檢驗中心向社會開放
北京科技大學分析檢驗中心，在科大校園里的一幢外表并不起眼的四層小樓的頂層。該中心僅有一個被隔成2小間的辦公室和一個會議室，但中心的業績卻是一組令人興奮的數字。
據初步統計，2008年，北京科技大學設備平均機時利用率由2005年(試點前)的40%提高到73%，服務收入從試點前的80多萬元增加到目前的450多萬元，服務客戶620家，發出報告2300份。
成立于2005年12月的北京科大分析檢驗中心有限公司，依托北科大在新材料研究與制備技術方面的學科優勢和豐富科技資源，在滿足教學和科研的基礎上，這個獨立法人公司托管實驗室的對外業務，向社會全面開放，成為學校科技資源對外開展分析檢驗服務的唯一窗口。
“市場化運作、企業化運行是我們在機制創新上的最大亮點。和社會上那些大的檢驗公司相比，盡管我們的規模還不大，但是我們的優勢在于可以幫助企業在產品的研發階段，提供一些個性化的檢測服務，同時還會幫助分析為什么會得到這樣的檢測結果，甚至幫忙請科大相關的專家來提供咨詢服務。”公司總經理范鐵軍說。
據介紹，現在中心已整合了全校材料領域1100多臺(套)、價值1.8億元的檢測儀器設備，計劃年底將擴充到2.8億元，占學校總科研資產份額的70%。幾年來的實踐，分析檢驗中心已能夠實現自循環，并體現出較強的生存和發展能力。