目前，我國科學儀器購置和自主研發投入比例嚴重失調。近年來科學儀器行業重引進、輕自主開發的現象嚴重。
據不完全統計，我國90%以上科學儀器依賴進口，去年購置進口儀器金額達到近千億元，但科學儀器自主創新投入卻嚴重不足。
“我國科學儀器行業的另一個問題是多跟蹤模仿、少原始創新。而且由于我國科學儀器企業的研發能力較弱，大部分技術都是由高等院校和科研機構來承擔，成果轉化率不高。”一位業內人士說。
據記者了解，一種原創性科學儀器設備從原理提出到形成成熟產品往往需要十多年，而現有的科學儀器設備自主研發支持方式是按照傳統的科技計劃方式設立項目，一般實施周期較短，通常僅數年，很多工作難以系統化實施，制約了原創性科學儀器設備產業化發展。另外，現有國家重點實驗室、國家分析測試中心等也較少開展科學儀器設備自主研發。
與此同時，據記者調查，一些科研單位和高等院校“重研究人員，輕技術支撐人員”的現象比較普遍，科學儀器設備研發實驗工程技術人員在職稱評定、工資待遇等方面都處于劣勢，影響了儀器研發人員的積極性，很多人被外國大公司挖走，或者轉入研究行列。
就國內生產科研儀器的企業而言，目前，企業數量多、小而全，但核心競爭力弱。我國科學儀器生產廠家近千家，大部分產值都低于1000萬元，產值上億元的卻不多，并且自主研發能力弱，產品單一。
有關專家告訴記者，“與國外大公司相比，我們與科學儀器設備相關的配套體系沒有完善起來，即使一些技術問題解決了，也只能停留在圖紙和樣機階段，無法迅速實現產業化。”
對于科研儀器存在的現狀和問題，專家分析認為，我國促進科學儀器自主創新的有效機制尚未形成。具體表現在產學研用結合都是在較淺層次的合作，缺乏長期性、戰略性的合作機制，研發脫離用戶需求。