東南大學—紅太陽智慧工業研究中心是隸屬于合作雙方的非獨立法人機構，業務分別掛靠東南大學化學化工學院、儀器科學與工程學院和紅太陽集團下屬子公司南京紅太陽生物化學有限責任公司、南京華洲藥業有限公司、安徽紅太陽生物化學有限公司、南京世界村云數據產業有限公司，受東南大學和紅太陽集團有限公司雙重領導。
中心將充分發揮東南大學在學科、人才和技術方面的優勢和紅太陽集團有限公司的市場信息、資金及科技轉化能力方面的優勢，首期設置綠色農藥聯合實驗室和物聯網大數據聯合實驗室，主要開展在綠色農藥及物聯網大數據方面的創新研究，在新農藥、物聯網大數據等方面產生國際領先的創新成果。