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> 腫瘤相關(guān)蛋白復(fù)合物的分子模擬及其結(jié)合機(jī)制分析
腫瘤相關(guān)蛋白復(fù)合物的分子模擬及其結(jié)合機(jī)制分析
腫瘤相關(guān)蛋白復(fù)合物的分子模擬及其結(jié)合機(jī)制分析
資料類(lèi)型:
JPG圖片格式
關(guān)鍵詞:
腫瘤
蛋白質(zhì)復(fù)合物
分子模擬
結(jié)合自由能
MM-PBSA
方法
資料大小:
116K
所屬學(xué)科:
分子表征
來(lái)源:
2013年全國(guó)高分子學(xué)術(shù)論文報(bào)告會(huì)(2013.10.12~16,上海)
簡(jiǎn)介:
腫瘤細(xì)胞的存活與否取決于其凋亡過(guò)程的分子調(diào)控能力,而一系列的蛋白質(zhì)復(fù)合物是該過(guò)程得以行使的載體。其中,A1屬于促存活蛋白;而B(niǎo)MF、PUMA屬于促凋亡蛋白,稱(chēng)之為BH3-only蛋白或BH3多肽。它們之間形成蛋白復(fù)合物,其結(jié)合的強(qiáng)弱直接影響著腫瘤細(xì)胞的凋亡過(guò)程。我們對(duì)A1蛋白和BH3多肽的復(fù)合物進(jìn)行了分子模擬;基于MM-P(G)BSA方法,計(jì)算了幾種復(fù)合物的結(jié)合自由能及每個(gè)殘基的貢獻(xiàn),發(fā)現(xiàn)不同多肽的結(jié)合機(jī)制存在差別;根據(jù)這一差別,對(duì)多肽進(jìn)行突變,獲得了結(jié)合能力更強(qiáng)的蛋白-多肽復(fù)合物。研究發(fā)現(xiàn),盡管BH3多肽中間的熱點(diǎn)殘基對(duì)結(jié)合能貢獻(xiàn)最大,但不同多肽結(jié)合能力的差異更多地體現(xiàn)在多肽的兩個(gè)末端片段上。或者說(shuō),多肽中間殘基的疏水作用體現(xiàn)了BH3多肽與A1蛋白結(jié)合機(jī)制的共性,而末端殘基更多地體現(xiàn)出不同BH3結(jié)合機(jī)制的特異性。此外,單次模擬軌跡只能覆蓋其末端片段的部分構(gòu)象空間,相比而言,基于多趟軌跡獲得的結(jié)合自由能更加準(zhǔn)確。
作者:
陳彥濤,李文飛,張建,王俊,王煒
上傳時(shí)間:
2013-11-11 16:40:38
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