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腫瘤相關(guān)蛋白復(fù)合物的分子模擬及其結(jié)合機(jī)制分析

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腫瘤蛋白質(zhì)復(fù)合物分子模擬結(jié)合自由能 MM-PBSA 方法

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腫瘤細(xì)胞的存活與否取決于其凋亡過(guò)程的分子調(diào)控能力，而一系列的蛋白質(zhì)復(fù)合物是該過(guò)程得以行使的載體。其中，A1屬于促存活蛋白；而B(niǎo)MF、PUMA屬于促凋亡蛋白，稱之為BH3-only蛋白或BH3多肽。它們之間形成蛋白復(fù)合物，其結(jié)合的強(qiáng)弱直接影響著腫瘤細(xì)胞的凋亡過(guò)程。我們對(duì)A1蛋白和BH3多肽的復(fù)合物進(jìn)行了分子模擬；基于MM-P(G)BSA方法，計(jì)算了幾種復(fù)合物的結(jié)合自由能及每個(gè)殘基的貢獻(xiàn)，發(fā)現(xiàn)不同多肽的結(jié)合機(jī)制存在差別；根據(jù)這一差別，對(duì)多肽進(jìn)行突變，獲得了結(jié)合能力更強(qiáng)的蛋白－多肽復(fù)合物。研究發(fā)現(xiàn)，盡管BH3多肽中間的熱點(diǎn)殘基對(duì)結(jié)合能貢獻(xiàn)最大，但不同多肽結(jié)合能力的差異更多地體現(xiàn)在多肽的兩個(gè)末端片段上。或者說(shuō)，多肽中間殘基的疏水作用體現(xiàn)了BH3多肽與A1蛋白結(jié)合機(jī)制的共性，而末端殘基更多地體現(xiàn)出不同BH3結(jié)合機(jī)制的特異性。此外，單次模擬軌跡只能覆蓋其末端片段的部分構(gòu)象空間，相比而言，基于多趟軌跡獲得的結(jié)合自由能更加準(zhǔn)確。

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2013-11-11 16:40:38

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