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DNA 雜交機(jī)理的粗?;肿幽M研究  
DNA 雜交機(jī)理的粗?;肿幽M研究
資料類型: JPG圖片格式
關(guān)鍵詞: DNA  雜交  分子模擬  拉鏈模型  
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DNA雜交機(jī)理是生物學(xué)領(lǐng)域一個(gè)廣受關(guān)注的基礎(chǔ)性問(wèn)題,其成核細(xì)節(jié)尚不為人所知。Ouldridge等最近開(kāi)發(fā)了一個(gè)新的粗粒化DNA模型—oxDNA,合理的擬合了DNA的氫鍵相互作用和堆疊相互作用,能夠同時(shí)表現(xiàn)DNA單鏈的柔性和雙鏈的剛性。到目前為止,該模型已經(jīng)成功的應(yīng)用于一系列的DNA結(jié)構(gòu)以及DNA納米器件的模擬,如DNA鑷子和DNA行走機(jī)器人。我們以該模型為基礎(chǔ),通過(guò)引入贗動(dòng)力學(xué)(metadynamics)和過(guò)渡路徑采樣(transitionpathsampling)方法,研究了短鏈DNA的雜交機(jī)理和成核機(jī)理。研究結(jié)果表明,只有單一重復(fù)序列才采用“滑行式(slithering)”的雜交方式,不遵循特定的路徑;而對(duì)于一般隨機(jī)序列,其采用“拉鏈?zhǔn)剑▃ippering)”的雜交方式,有較為嚴(yán)格的形成路徑。
上傳人: liu
上傳時(shí)間: 2013-11-14 16:41:36
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