懸念一
研究生何時要收費
全國政協委員、教育部副部長袁貴仁接受記者采訪時稱，研究生原則上早晚要收費，但具體的日程還沒有定下來。
教育部此前表示，研究生收費“不是一個全面收費的改革，更不是一個全面自費的改革。”研究生收費的改革是要減少自費研究生收費的人數、錢數和分數，改革會有利于研究生的培養。自費研究生數量比例將低于研究生收費制度改革之前，而且收費的金額也將低于改革之前。
懸念二
成本分擔比例是多少
研究生收費已經列入《教育部2005年工作要點》中，第27條稱，進一步推進“研究生教育創新計劃”。改革和創新研究生教育培養體制，完善研究生培養導師資助制和負責制，推行助研、助教和助管崗位制，推進研究生培養成本分擔制度改革，深化招生和選拔制度改革，調整和完善研究生培養學制。研究生培養成本分擔比例到底是多少，全國政協委員、教育部副部長袁貴仁稱，這個很復雜，沒有具體回答。
懸念三
培養成本一年要多少
全國政協委員、原清華大學校長王大中告訴記者，研究生教育不是義務教育，報考研究生是人力資本投資，而且依照《高等教育法》，高校的學生都要收取費用的。國外發達國家的研究生也是要收費的，研究生應該按成本分擔收費。碩士生一年的培養成本有多少，全國政協委員李明告訴記者，國家按每個碩士生每年1．1萬元撥款，而碩士生每年大約交納7000－8000元左右。實際上，培養成本遠遠大于這個數，尤其是理工科的培養成本更高，但目前沒人統計一年到底需要多少錢。
懸念四
讀研究生誰來掏腰包
“讀研究生的確需要收費，但費用不應該由學生來承擔”，全國政協委員、上海交通大學劉西拉教授接受記者采訪時稱，讀研究生的費用應該得到教授科研經費的資助，如果教授連這點費用也出不起，那他就沒有資格招研究生。得到資助的學生要參與到教授的科研中。
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