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西安交大徐光魁教授課題組 JMPS:一種高效的基于剛度矩陣的細胞單層計算方法
2022-09-23  來源:高分子科技

  作為重要的生理功能,上皮組織形態發生是一個多尺度動態過程。這一過程中,機械信號對正常的細胞活動包括增殖、分化、遷移等的調控是必不可少的。為了揭示上皮單層復雜形態發生過程的機械機制,人們開發了許多模擬細胞群體(細胞單層)的離散模型,如頂點模型,Pott模型和Flocking模型等。其中,應用最廣泛的是頂點模型,它可以成功地再現細胞的大部分運動行為,但由于計算成本較大,通常局限于研究小規模細胞群。此外,現有模型也常常忽略與細胞形態和特性密切相關的細胞骨架結構。隨著生物物理/生物化學機制的數學描述的復雜性和組織規模/維度的增加,降低細胞單層時空演化的計算成本成為了一個突出的挑戰。


  為實現探究細胞單層力學機制的高效性、準確性和全面性,西安交通大學徐光魁教授團隊提出了一種基于結構剛度矩陣的計算方法(SMM),該方法可以準確、快速地評估細胞單層的力學性能和模擬大規模細胞群變形與運動行為(圖1)。利用該方法,模擬了細胞單層在線性和階躍應變加載方式下的變形行為。進一步,考慮細胞骨架結構特征,研究了不同尺度變化對細胞單層力學行為的影響。



1  含有細胞骨架結構的上皮單層模型及計算方法流程


無細胞骨架結構的上皮單層力學行為


  首先,利用發展的SMM方法模擬了細胞單層在線性和階躍應變下的力學響應,并將得到的結果與傳統頂點模型(VM)的結果進行比較,如圖2和3所示。結果表明:兩種方法求解的應力-應變曲線幾乎一致,驗證了模型的有效性。在模擬細胞群時,本文提出的SMM方法比VM模型具有明顯更高的計算效率。特別是,當模擬大規模細胞群或大變形時,新發展的SMM方法計算速度比傳統VM方法快一個數量級以上。因此,該方法也將有望在大規模組織的時空動態演化建模中得以應用。



模擬線性和階躍應變加載下細胞單層的方法驗證與比較



3  剛度矩陣模型與傳統頂點模型的時間效率比較


具有細胞骨架結構的上皮單層力學行為


  然后,利用SMM方法研究線性拉伸應變下含細胞骨架結構的細胞單層力學行為,討論了細胞分裂方向和細胞/分子尺度的變化對單層力學性質的影響,如圖4所示。結果表明:細胞沿著由實驗標定的TCJ軸分裂比其他分裂方向可以更有效地耗散外部應力,并有助于形成更多各向同性的細胞形狀。此外,通過改變分子和細胞尺度的力學參數,得到了與實驗測量一致的細胞單層的力學特性,特別是預測了其他模型中忽略的細胞骨架的影響規律。這些工作揭示了機械刺激下上皮組織拓撲結構變化的機制,有助于進一步理解分子和細胞力學在組織力學中的作用。


分裂方向和細胞/分子尺度的變化對細胞單層力學的影響


  以上研究成果以“A structural stiffness matrix-based computational mechanics method of epithelial monolayers”為題于9月20日在線發表在固體力學旗艦期刊《Journal of the Mechanics and Physics of Solids》(2022, 169, 105077)上。論文第一作者為西安交通大學航天航空學院多尺度力學-醫學交叉實驗室博士生殷旭。合作者有西安交通大學航天航空學院博士生王必聰、中國空氣動力學研究中心空氣動力學國家重點實驗室劉磊研究員。通訊作者是北京科技大學張立元副教授和西安交通大學航天航空學院徐光魁教授。該研究得到了國家自然科學基金優秀青年科學基金和面上項目的資助。


  原文鏈接:https://doi.org/10.1016/j.jmps.2022.105077

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(責任編輯:xu)
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